Ngày 23 tháng 9 năm 1945, thực dân Pháp nổ súng đánh chiếm Nam Bộ, quyết xâm lược nước ta một lần nữa. Dưới sự lãnh đạo của Đảng, Bác Hồ và sự phụ trách của Đoàn, tổ chức Đội đã tập hợp các em thiếu nhi tham gia tích cực vào các phong trào chống giặc đói, giặc dốt, chống giặc ngoại xâm. Tiếng vang của Đội Nhi đồng cứu quốc Mai Hắc Đế (Hà Nội) lan nhanh sang các tỉnh khác, thiếu nhi đã tích cực tham gia kháng chiến như làm liên lạc, vào du kích, trinh sát, tình báo. Gương chiến đấu dũng cảm của Kim Đồng từ chiến khu lan về cùng ánh đuốc sống Lê Văn Tám; hoạt động của các Đội Thiếu niên Bát Sắt, Đội Thiếu niên Phan Rí, Đội Thiếu niên Phan Đình Phùng,... đã thôi thúc, cổ vũ những người bạn cùng lứa tuổi viết thêm trang mới trong cuốn lịch sử Đội của chúng ta.

Giữa năm 1946, hai tổ chức Đội TNTP và Hội Nhi đồng cứu vong sát nhập lại làm một và lấy tên chung là Đội Thiếu nhi cứu quốc.

Mùa xuân năm 1947, có một đội viên dũng cảm của Đội ta đã anh dũng hi sinh trong khi làm nhiệm vụ liên lạc ở trận đánh bên làng Giá ngoại thành Hà Nội, đó là Dương Văn Nội-  người đội viên là liệt sĩ thiếu niên đầu tiên được Chính phủ truy tặng Huân chương Quân công hạng Ba. Ngoài ra còn nhiều gương chiến đấu hi sinh dũng cảm của thiếu nhi mãi mãi làm đẹp trang sử Đội ta như: Vừ A Dính (Lai Châu), Phạm Ngọc Đa (Hải Phòng),...

Tháng 2 năm 1948, Bác Hồ gửi thư cho các cháu nói về nội dung, ý nghĩa và cách tổ chức  “Phong trào Trần Quốc Toản” nhằm động viên khuyến khích thiếu nhi thi đua học tập và giúp đỡ đồng bào, trước hết là các gia đình bộ đội, neo đơn, thương binh, liệt sĩ... Phong trào nhanh chóng phát triển rộng khắp. 
   

Tháng 3 năm 1951, Hội nghị cán bộ Đoàn Thanh niên cứu quốc đã quyết định thống nhất lực lượng thiếu nhi, lấy tên là Đội Thiếu nhi tháng Tám và thống nhất một số chủ trương mới như thiếu nhi đeo khăn quàng đỏ, bài ca chính thức, khẩu hiệu, đẳng hiệu, cấp hiệu, phiên chế tổ chức của Đội.

Như vậy, sau những năm kháng chiến chống thực dân Pháp đầy gian khổ, hi sinh, tổ chức Đội đã thực sự trưởng thành về mọi mặt với bao chiến công. Nhiều tập thể của đội viên đã được khen thưởng, xứng đáng với niềm tin yêu sâu sắc của Đảng, Nhà nước, Bác Hồ và nhân dân.

Theo website Trường Lê Duẩn (Trường Đội Trung ương)